Une importante partie de ce musée d'Archéologie universitaire se consacre à la préhistoire Amérindienne du Québec et permet de voir des objets recueillis sur plus de 300 sites et découverts par les chercheurs même du musée. L'Institut National Autochtone a collaboré étroitement et régulièrement à ces recherches, prospections et fouilles depuis le début des années 1970. Céramiques, armes, outils, objets de parures, aménagés dans l'os, l'andouiller et la pierre; ce musée montre comment les Amérindiens d'autrefois ont su tirer la meilleur parti possible des matériaux en présence par leur technologie et leur art.